Sejak Slovakia adalah sebuah republik parlimen, Perdana Menteri bertanggungjawab kepada Majlis Kebangsaan. Perlembagaan Slovakia memperuntukkan bahawa apabila penyertaan ke pejabat setiap Perdana Menteri mesti mendapat dan selepas itu mengekalkan keyakinan Parlimen. Sebaik sahaja Perdana Menteri hilang keyakinan, Presiden wajib memecatnya dan menetapkan Perdana Menteri yang baru atau mengamanahkan Perdana Menteri yang dipecat untuk bertindak sebagai penjaga dengan kuasa terhad.

Perdana Menteri adalah pejabat yang paling berkuasa di negeri ini, kerana beliau memerintahkan dan mengetuai Kerajaan. Walaupun bukan Perdana Menteri tetapi Presiden yang melantik Menteri di Kabinet, Presiden melantik Menteri di atas nasihat Perdana Menteri.